中醫工程學是一門研究中醫基本概念和基本原理的客觀實在、生理和病理狀態的測評與調理技術的一門自然科學意義下的綜合性學科。
即借用禮儀、講道、祭祀等方法溝通人與神（超自然）的關系，產生信仰以影響人的行為方式或生命進程。如道教倡導的宇宙和諧、天下太平是中醫"天人相應"原理的思想淵源，通過修道積德以安樂幸福、長生久視是中醫養生的指導原則。
即借用研究整個世界的本源和共性的演繹、歸納和頓悟式思辨方法研究生命的本源和共性。如精（無形之物）、氣（能量）、形（有形體）、神（功能）是人體的基本組成和生命的共有屬性。
即以國家或民族的歷史地理、風土人情、文學藝術、思維方式為背景研究生命的組織架構。如陰陽、五行是中國傳統文化的標志符號，也是傳統中醫學的理論框架。
即以固定人群的傳統習俗、生活方式、行為規范、價值觀念為背景研究影響生命的心理因素。如《素問·上古天真論》稱："美其食，任其服，樂其俗，高下不相慕，其民故曰樸。是以嗜欲不能勞其目，淫邪不能惑其心，愚智賢不肖不懼于物，故合于道。"
即借用研究物質的結構、性質和運動規律的定量實證方法研究人體的組成和功能機制。如《靈樞·骨度》稱："頭之大骨圍二尺六寸，胸圍四尺五寸，腰圍四尺二寸。"《素問·寶命全形論》稱："人以天地之氣生，四時之法成。"
中醫工程學以傳統中醫學的宗教屬性、哲學屬性、文化屬性和社會屬性的認知成果為基礎，以人體生命活動過程的15種功能的有效實施為目標導向，揭示其自然科學屬性的綜合性學科。
中醫工程學包括7門基礎性學科：
是一門研究五藏（音zàng）功能性質的固定結構、功能實現的流變結構、功能協同的調控結構、功能節律的關系結構的中醫基礎性學科。該學科給出了脾藏、肺藏、腎藏、肝藏、心藏、精、氣、血、津、液、表、里等中醫核心概念的客觀實在性內涵。
是一門研究致病因素的客觀實在及其致病機制的中醫基礎性學科。該學科給出了71種病因的客觀實在和邏輯關系，并以520種常見病、多發病和特發病為線索，建立了中醫病因與西醫病因、中醫病機與西醫病理生理之間的映射關系。
是一門研究癥狀（包括體征、物理、化學和生物檢測結果）的病因病機 的中醫基礎性學科。該學科給出了約1000個癥狀的中醫病因病機與西醫病因和病理生理的對應性解釋，使傳統的中醫病機轉化為可實驗驗證的病理機制。
是一門研究人體異常功能態勢發生機制的中醫基礎性學科。該學科從五藏的15種功能出發，給出了約50種中醫證候的中醫病因病機與西醫病因病理生理的對應性解釋，使證候與癥狀、疾病一樣，成為描述異常健康狀態的第三類概念。
是一門研究中藥緩解癥狀、證候和疾病機制的中醫基礎性學科。不同于傳統中醫學的性味歸經和升降浮沉，也不同于借用西藥藥理學方法研究中藥藥理，該學科突出了癥狀、證候的特點，確立了可實驗驗證的全新藥理架構。
是一門研究中醫物理療法（包括針刺、艾灸、推拿、刮痧、拔罐、放血等）作用于體表，治療體表和體內疾病的生物學基礎的中醫基礎性學科。該學科可望給出中醫體表治療的生物學基礎。
是一門研究人體生物信號的生活和工作場景下長時程實時采集和危急重發病生前預警的中醫基礎性學科。該學科可望發現全新的中醫癥狀和證候，為中醫辨證體系輸送新鮮血液，為中醫診斷和療效評價提供客觀定量證據。
實現傳統中醫理論的自然科學化 傳統的中醫理論是針對診療規律的解釋性理論，難以證明證偽。中醫工程學可實現中醫核心概念的客觀實在性內涵界定，可實現人體15種功能執行結構的實驗室檢驗。
實現傳統中醫診療技術的工程化 傳統的中醫診療技術是望聞問切、辨證論證的個體化診療技術。中醫工程學可建立普遍適用的診療規范和評估標準，可實現50種常見異常功能態勢的客觀測評。